Tato hra vás opět postaví do role Alexe Munroa, vedoucího Hazardního teamu. Nyní se na straně USS Enterprise musíte vypořádat s Klingony, Romulany, Andoriany, žoldáky a s pár novými rasami vetřelců včetně tajemné rasy nočních kreatur. Boje se odehrávají uvnitř kosmické lodě, v kosmické stanici, vulkanické oblasti a jiných částí planety a to dokonce i v nulové gravitaci. Těšit se můžete na nové kosmické lodě a silnější zbraně. Po návratu Voyageru budete umístěn na palubu Enterpris, kde budou k dispozici nové a účinější zbraně. Zvolte tu nejlepší taktiku k dokončení mise. Najděte dobře schované tajné elementy, které mohou úplně změnit sekvenci a výsledek mise.